Eskibel tiene un proyecto educativo de identidad cristiana, basado en las enseñanzas de la Iglesia católica, que promueven una unión coherente entre fe, pensamiento y vida.
Dentro de su marco jurídico estrictamente civil, sin ser un centro de la Iglesia Católica y con gran respeto a la libertad de las conciencias, se propicia entre los padres de los alumnas, las profesoras, el personal no docente, las alumnas y las antiguas alumnas, el conocimiento y la práctica de la fe y la moral católicas, de acuerdo con las enseñanzas de la Iglesia y el principio de voluntariedad.
La formación doctrinal de las alumnas está a cargo de las profesoras de Religión y de los capellanes, cuyo nombramiento se solicita al Opus Dei. La formación religiosa que se imparte en Eskibel se ajusta a las directrices de la Conferencia Episcopal Española para los programas de la asignatura de Religión.
La comunidad escolar puede acudir siempre que lo desee a la atención espiritual personal que proporciona la Capellanía del Colegio.